Władzami naczelnymi Stowarzyszenia Edukacja przez Internet są: Walne Zebranie Członków, Zarząd Główny oraz Komisja Rewizyjna.
Walne Zebranie Członków jest najwyższą władzą Stowarzyszenia. Zarząd Główny kieruje bieżącą działalnością Stowarzyszenia. Komisja Rewizyjna jest organem Stowarzyszenia powołanym do sprawowania kontroli nad jego działalnością.
